Надо ограничить кол-во конектов (по IP клиента) при скачивании файлов из определенной директории.
Т.е. клиент не должен иметь возможность качать больше одного файла одновременно (или качать его в несколько потоков).
Хотя правильнее было бы ограничить полосу пропускания для каждого клиента.
apache 1.3.29