Исправление Vsevolod-linuxoid, (текущая версия) :
Покажи, что в директориях Boot и fedora, Microsoft не трогай. Хотя директорию fedora можешь просто удалить, скорее всего старый GRUB2-EFI там.
Если и после этого не загружается с флешки, может ты её криво записал, например Rufus портит образы при записи, используй Fedora Media Writer: https://getfedora.org/fmw/FedoraMediaWriter-win32-latest.exe — он и произвольные .iso умеет писать.
Исходная версия Vsevolod-linuxoid, :
Покажи, что в директориях Boot и Fedora, Microsoft не трогай.