Можно использовать пакет bibtopic. В нём есть команды \btPrintCited (вывести процитированные), \btPrintNotCited (вывести непроцитированные), \btPrintAll (вывести всю литературу). При этом команда \bibliography отключается. Загрузить bib-файлы можно либо через окружение btSect, либо командой \nobibliography.