mac (программка такая), ffmpeg
Могу предложить скрипт переконвертирования чего угодно (проверял на ape и wav) во flac с последующим разбиением по cue.
Если нужно только перекодирование, вот команда: ffmpeg -i «file.ape» -acodec flac file.flac
Потом командой cuebreakpoints <file>.cue | shnsplit -o flac <file>.ape сможешь и порезать сразу потреково. Можно дописать, чтоб теги записывались из cue в flac.
Часто бывает во flac, конвертнутых из wv (tommy, привет).
Симптомы такие, что flac нормально выглядит. И играется нормально. И даже проверку flac -t проходит нормально. Только, во-первых длина трека (по времени) выглядит странно (у меня было 1:26:00 на каждый трек), а во-вторых этот flac невозможно перегнать в wav. Никак абсолютно. Даже родной утилитой. Я нашел только костыльный способ - установил foobar в вайне, и через него конвертил в wav.