Любой видеоредактор, куда можно вставлять картинки на таймлайн. PiTiVi, Kdenlive, Openshot — тысячи их.

Avidemux

Делал в OpenShot

Я точно не знаю, но может быть для такого достаточно ffmpeg

Kino

В Kino можно все, но только возможны проблемы с кодеками.

Возможно ваш файл не откроет, придется переконвертировать чтобы открыть, для конвертации можно воспользоваться Transcoder

Хотел бы расширить этот вопрос:

Возможно ли наложить time-line?

Временной счетчик как на регистраторе ГОД:МЕСЯЦ:ДЕНЬ:Время

Искал как-то давно, не нашел решения.

ffmpeg