Когда приходит новое уведомление, а затем тред/сообщение удаляется (и вместе с ним само уведомление) счетчик в шапке показывает неправильное число уведомлений.
Убедился в этом на тредах autoXXXXXX, который постил треды с тегом «история успеха» на который я подписан.
Полагаю, при обновлении страницы нужно просто пересчитывать количество реальных уведомлений, а не брать «приготовленное» заранее значение.
