Пропадают файлы и директории созданные/редактированные через ssh

Может там RO ФС, которая монтируется в память или что-то такое?

Покажите mount для начала.

pi@raspberrypi ~ $ sudo mount /dev/root on / type ext4 (rw,noatime,data=ordered) devtmpfs on /dev type devtmpfs (rw,relatime,size=183620k,nr_inodes=45905,mode=755) tmpfs on /run type tmpfs (rw,nosuid,noexec,relatime,size=38376k,mode=755) tmpfs on /run/lock type tmpfs (rw,nosuid,nodev,noexec,relatime,size=5120k) proc on /proc type proc (rw,nosuid,nodev,noexec,relatime) sysfs on /sys type sysfs (rw,nosuid,nodev,noexec,relatime) tmpfs on /run/shm type tmpfs (rw,nosuid,nodev,noexec,relatime,size=76740k) devpts on /dev/pts type devpts (rw,nosuid,noexec,relatime,gid=5,mode=620) /dev/mmcblk0p1 on /boot type vfat (rw,relatime,fmask=0022,dmask=0022,codepage=cp437,iocharset=ascii,shortname=mixed,errors=remount-ro)

Сорри, как-то коряво вставилось

Наврядли RO, т.к. mysql таблицы правятся, а они тоже находятся на /dev/mmcblk0p1

fsck делал?

Нет. Сейчас попытался, но не смог размонтировать т.к. всё в одном разделе. Это же raspberry. Пишет «device is busy»

touch /forcefsck && shutdown -rF now

Спасибо за ответ. У меня нет другой возможности, кроме как коннектится через putty. Соответственно, я не вижу результатов проверки. Быстро найти решение в инете не получилось. Могу ли я предположить, что если система прогружается нормально, значит проблем при проверке нет? В syslog записей об ошибках нет.