Я считаю, что на десктопе бекапы не нужны, хотя убунтовцы всячески пропихивают свои утилиты для этого. Минусы: занимает много места, отнимает много времени.
Сейчас пришла в голову гениальная идея — нужно сделать что-то вроде снапшотов в виртуалке. Снапшот — текстовый файл, который хранит только дерево каталогов и имена файлов. Может быть создан простым find. Для расширенных версий снапшота он должен хранить ещё и размер в байтах, md5-сумму и принадлежность к какому-либо пакету (спросить пакетный менеджер).
Как использовать: мы сможем создать такой снапшот, а потом смотреть, какие конфиги мы редактировали и какие файлы добавили и удалили. Чтобы вернуться на состояние снапшота — править конфиги обратно по памяти (пока чексумма не совпадёт, лол) и удалить появившиеся, пересоздать удалённые файлы.