лишь отключил несколько ненужных пунктов через make menuconfig

Ты уверен что ненужных?
Какой дистр? Как собирал? Откуда брал исходники?

дистр дебиан 6, исходники последние стейбл с кернел орг. Отключил всего лишь 2 или 3 параметра, что то типа саппорт делл лептоп, тошиба лептоп и еще что то. Собирал по этому гайду - http://pingvinoff.net/2008/08/05/linux-kernel-compilation/

погуглил тут, пишут что если отключить несколько параметров связанных с lguest то ошибка пропадет но не будет работать виртуализация, а хотелось бы

Это только конец сообщения об ошибке, более детально будет видно несколько строк выше.

IHEX firmware/mts_cdma.fw IHEX firmware/mts_gsm.fw IHEX firmware/mts_edge.fw H16TOFW firmware/edgeport/boot.fw H16TOFW firmware/edgeport/boot2.fw H16TOFW firmware/edgeport/down.fw H16TOFW firmware/edgeport/down2.fw IHEX firmware/edgeport/down3.bin IHEX2FW firmware/whiteheat_loader.fw IHEX2FW firmware/whiteheat.fw IHEX2FW firmware/keyspan_pda/keyspan_pda.fw IHEX2FW firmware/keyspan_pda/xircom_pgs.fw IHEX firmware/cpia2/stv0672_vp4.bin IHEX firmware/yam/1200.bin IHEX firmware/yam/9600.bin IHEX firmware/sb16/mulaw_main.csp IHEX firmware/sb16/alaw_main.csp IHEX firmware/sb16/ima_adpcm_init.csp IHEX firmware/sb16/ima_adpcm_playback.csp IHEX firmware/sb16/ima_adpcm_capture.csp make[1]: Leaving directory `/usr/src/linux-3.5.4' /usr/bin/make ARCH=i386 \ -C Documentation/lguest make: *** Documentation/lguest: Нет такого файла или каталога. Останов. make: *** [debian/stamp/build/kernel] Ошибка 2 root@debian:/usr/src/linux-3.5.4#

Вы видите, что это уже вторая ошибка 'Ошибка 2', выше есть ещё одна, они скорее всего связаны, смотрите выше, зачем вы постите сюда лог, который сами не проанализировали.

проблема решилась путем отключения двух пунктов в конфиге : Lguest guest support и Linux hypervisor example code. Кстати кто знает почему на выходе при компиляции ядра получаются именно 2 .deb файла а не один?

linux-headers может понадобиться в дальнейшем для сборки модулей

fix

cd Documentation; ln -s virtual/lguest; cd ..