У меня такая же фигня. Дебиан, alsa, пульс отсутствует.
В проигрывателе музыка играет нормально от часа до трёх, потом в какой-то момент начинает заикаться чем дальше, тем больше. При этом процессор не загружен, диск не загружен, комп просто стоит и играет музыку. Помогает остановить проигрывание и запустить заново.
Всегда грешил на mocp. ТС, ты чем музыку играешь?