emacs fly-spellmode

Очевидно, включить (a|e|hun)spell словарь с ё.

поподробнее можно?

flyspell использует словари (e|a|hun)spell. Тебе в настройках flyspell нужно указать, чтобы он запускал (e|a|hun)spell с нужным словарём, курить в сторону Ctrl h d ispell. Вот у меня aspell, словарь там выбирается опцией -d. Я, например, проверил, что он понимает ё вот такой командой

aspell -a -l ru -d ru-yo

Вводишь корректное слово с Ё, например свёкла и проверяешь, что он не выдает вариантов замены

aspell -a -l ru -d ru-yo ~ @(#) International Ispell Version 3.1.20 (but really Aspell 0.60.6.1) свёкла *

странно ничего так и не предложил

Все верно, ничего и не должен, ты же ПРАВИЛЬНО написал слово. Можешь проверить, что

aspell -a -l ru

предлагает замены

У меня http://extensions.services.openoffice.org/project/dict_ru_RU_yo (hunspell), иногда, впрочем, надоедает со своей «ё»...