1) Он может эмулировать архитектуры, отличные от той, на которой запущен. Например эмулировать ARM на обычном x86 PC, или наоборот =).
2) Он может эмулировать не всю систему, а только юзерспейс. А вызовы ядра из виртуальной машины транслировать в вызовы ядра реальной. Это позволяет запускать программы, собранные под linux для другой архитектуры.
QEMU 0.9, 0.10 работает надежнее VirtualBox (2.1, 2.2, 2.3) и предсказуемее VMware (6.0, 6.5).
В нем нет таких вещей, как keylogger VMware Workstation
C:\WINDOWS\System32\drivers\VMkbd.sys (keylogger, который
находится Антивирусом Касперского, и не может быть им корректно удален).
QEMU - прародитель VirtualBox, поэтому более четко отлажен и надежен в работе.