Не сохраняются права, файлы типа shadow не добавляются в индекс так как нет прав на чтение. Если закомитить под рутом, то когда скачиваешь - все права портятся, вместо file owner'a root - будет обычный пользователь.
Как правильнее в git держать свой дистрибутив? В tar - не удобно. Как diff смотреть?