1. Нативный CAD в линуксе не требует "QEMU vs VMware"
2. Не нативный под wine
3. Так и пиши "Что лучше для запуска винды ..."
4. Ставьте ms terminal server на отдельную тачку.
Хочется конкретных ответов - задавайте конкретные вопросы. Если, к примеру, речь идёт о P-CAD 2004 - он у меня отлично свистит под Wine. ОС - FreeBSD-6.2-R.
Хотя под Wine есть определённые специфические проблемы - кто-то с ними и не столкнётся, а кого-то они доведут до суицида. В любом случае, winehq.org для проверки тамошней базы поддерживаемых приложений посетить стоит, ибо Wine - быстрейший вариант. А для _продуктивной_ работы, ИМХО - единственно возможный. Всё-таки эмулятор создаёт очень заметные тормоза местами.
crossover (или wine если настроить) самое быстрое.
vmware - в топку. Есть virtualbox
Ну а если есть аппаратная поддержка виртуализации то xen будет самым лучшим выбором!
Если для рабочей станции то - kvm, если для сервера - xen, а можно и то и другое ( нарпимер в ядре с поддержкой xen официально не поддерживается nvidia дрова ... )