djvu | pdf редактор

Желательно deb пакет ...

Под pdf есть pdftk. Для вырезать пару страниц или вставить - как раз то, что нужно. Насчет сделать оглавление - не знаю, не пробовал и сейчас копаться некогда, но man у него достаточно подробный - разберешься, я думаю. По поводу djvu - ничего не скажу: с необходимостью редактирования сам не сталкивался.

djvu можно распотрошить на страницы и собрать обратно с помощью djvm из комплекта djvulibre.

> ... djvulibre
Удобная вещь!