Через какое то время стали объединяться буферы обмена, или при выходе из спящего режима.
Система арч64, рабочее окружение i3 или gnome3 разницы нет. Для разделения буфера обмена использую parcellite, но через какое то время они объединяются. Т.е. выделяю текст мышой, нажимаю ctrl+c.
Если вставить через ctrl+v на пустом месте, то все нормально. Если перед этим выделить текст, то соответственно выделенный текст попадает в буфер обмена и по нажатию сочетания ctrl+v уже выделенный фрагмент.
