как добавить скрипт iptables в автозагрузку

Пропиши его где нибудь, чтоб он с загружался при запуске.

В Генту /etc/conf.d/local.start

Хм.. чутка не понял вопроса.. а так
правила лежат в /var/lib/iptables/rules-save (сюда и кидай)
Не забудь сохранить..
/etc/init.d/iptables save

Если ты про автозагрузку iptables то:
rc-update add iptables default