При загрузке писем через POP3 на сервере остаются нетронутыми письма в папке «Sent». Насколько я понял, POP3 обычно работает только с «Inbox».
Может, есть способ заставить клиент забирать письма со всех папок, которые есть на сервере?
В качестве обходного решения можно на сервере перемещать все письма в папку «Inbox», а потом локально на клиенте рассортировать фильтрами. Но это костыль.
В качестве почтового клиента — KMail.