Использовать sudo. В файле /etc/sudoers можно разрешить тому или иному пользователю выполнять от рута те или иные команды, при желании даже без пароля. Примеры настройки:
%wheel ALL=(ALL) ALL — разрешить членам группы wheel с любой машины выполнять любые команды от имени любого пользователя, вводя свой пароль.
ALL ALL=(ALL) NOPASSWD: ALL — то же самое, но вообще всем, а не только wheel, и без ввода пароля.
username compname=(root) NOPASSWD: /usr/bin/wifi-menu — разрешить пользователю username выполнять с компа compname (т. е. с другого компа удалённо не прокатит) от имени root'а программу /usr/bin/wifi-menu без ввода пароля.
Выложи, что ты прописал в /etc/sudoers и что вводишь в командной строке вместе с выдаваемой в ответ ошибкой. И то, и другое заключи между тегами [code] и [/code], чтоб было проще читать.