как в Ubuntu 16.04 задать раскладку по-умолчанию?

Ubuntu Server? DE какое хоть?

Создаём и редактируем файл:
sudo nano /etc/X11/xorg.conf.d/20-keyboard.conf

Section "InputClass"
       Identifier "keyboard-layout"
       MatchIsKeyboard "on"
       Option "XkbLayout" "us,ru"                                                //раскладка по умолчанию us
       Option "XkbVariant" ",winkeys"
       Option "XkbOptions" "grp:ctrl_shift_toggle"                   //переключение между раскладками CTRL+SHIFT
   # Option "XkbOptions" "grp:alt_shift_toggle"                  // это для ALT_SHIFT, кому как удобнее
EndSection

что имеем в виду? если loadkeys, то настраивай консоль. Если Иксы и не хочется заморачиваться с xorg.conf - setxkbmap в помощь.

Нет, обычный десктоп, тоесть Unity.

Кастати -да - надо бы туда заглянуть

А можно сделать так, чтобы в login screen была по умолчанию английская раскладка? Вот это реально задолбало.

Смотря какой display manager: lightdm, sddm, slim? Никогда не использовал юнити, не знаю какой там.