В pdftk 2.0 и выше убраны такие операции как background и stamp. Это не есть гуд. Очень полезные операции, однако. Ищем альтернативы:

mcpdf:

https://sourceforge.net/projects/debiannoofficial/files/wheezy-update/text/mc...

Написан на java, с использованием библиотеки itext. Синтаксис похож на pdftk 1.44, за исключением output (в mcpdf работает только конструкция output - > result.pdf). Операции background и stamp в наличии.

pdfwatermark:

https://sourceforge.net/projects/debiannoofficial/files/wheezy-update/text/py...

Написан на python, с использованием библиотеки PyPDF2. Синтаксис: два входных pdf и результирующий pdf. Что-то типа скрипта.