Пользуюсь в основном для разметки.

Веду личный список задач и храню ссылки в org-mode. Использую org-mode для написание заметок, описания каких-то идей с кусками кода, благо в org-mode есть source blocks. Из расширений org-mode использую:

• org-capture + org-protocol - сохранение ссылок в org-файл
• org-notify - напоминание о дедлайнах по задачам

Официальная шпаргалка:

http://orgmode.org/orgcard.pdf

Сам веду структурированные заметки с ссылками и блоками кода + TODO листы + текстовые таблицы.

agenda, clockwork, literate programming/reproducible research, export/publish project

веду заметки в вики + лабы студентам в виде literate programming.

радует экспорт во все форматы + подсчёт затраченного времени на задачу (через clock in/clock out).

ну и org-tangle и weave/tangle и исполнение «блоков кода» через C-c C-c, конечно же.

презентации в org-beamer тоже радуют.