zsh, иногда очищается история

HISTFILE=~/.history

Другой шелл запускал?

файл был практически пустой

Что именно там было?

Плюсую анонима.
Для избежания спецэффектов всегда называю его типа .zsh_history

Как вариант - создать директорию .zsh и положить туда. Вместе с конфигами и прочим. А по теме... Может и другой шелл потер. Хотя, тут даже хз. У баша вроде свой файл для истории.

Другой шелл запускал?

Специально нет, может какой скрипт и запускал. Сейчас проверил — bash пишет в ~/.bash_history, sh в ~/.sh_history

Что именно там было?

Не посмотрел. Сейчас ничего особого, с самого начала мои команды идут. В следующий раз посмотрю, но когда оно случится — хз.

Ну хз, проверь ещё настройки истории, связанные с совместной записью из разных сеансов. У меня за шесть лет такого не было :) Вот в bash почему-то было, но скорее всего из-за запуска zsh под ним с последующей порчей одинаково именуемых переменных %)

Да, и ещё настройки поведения при переполнении истории нужно проверять. 1000 строк - очень мало.

Все настройки, которые относятся к истории, я указал. Почитаю маны, спасибо, хотя странное поведение — очищать файл при переполнении, я такого не ожидал, если это действительно так.

У меня очищалась когда пропадало электричество и система падала. А сама по себе нет.

Умолчания в zsh невменяемы от слова «совсем», хотя с твоими настройками вроде не должно быть такого, но по памяти утверждать не буду.