Xneur блокирует хоткеи i3

Как решить проблему?

отключить xneur

apt-get purge xneur

А если всё же хочется пользоваться им в i3? У меня та же проблема, что у автора.

А если всё же хочется пользоваться им в i3?

Так и быть, разрешаю использовать!

У меня та же проблема, что у автора.

Посмотреть в (дефолтный) конфиг, почесать репу, забабахать (скопировать xneurrc.sample) в ~/.xneur/xneurrc свой, с блекджеком и выкинутыми ненужностями:

# This option add user action when pressed key bind
# Example:
#AddAction Control Alt f Firefox Browser <cmd>firefox</cmd>
AddAction Alt t Вызов терминала <cmd>gnome-terminal</cmd>
AddAction Alt g Открыть Gedit <cmd>gedit</cmd>
AddAction Super_L Открыть Nautilus <cmd>nautilus ~/</cmd>
AddAction Super f Открыть ссылку в Firefox <cmd>xsel -o | xargs firefox --new-tab</cmd>

Используй loloswitcher