Если нужен именно рутовый, и в .my.cnf ничего не обнаруживается, то только ставить новый (пишу по памяти):
# mysqld --skip-grant-tables --user=root &
# mysql
mysql>use mysql;
mysql>update user set password=password('new_password') where user='root';
mysql>exit;
# killall mysql