Исправление fludardes, (текущая версия) :
Исходная версия fludardes, :
Предлагаешь не использовать Transmission, Thunderbird и проч.?
На самом деле, все эти приложения можно спокойно использовать без трея, если они умеют посылать уведомления. У меня лично он постоянно свёрнут - потому как просто не нужен. Для Transmission рекомендую найти дополнение для GNOME, по имени «Transmission Daemon Indicator», оно удобно интегрирует Transmission в верхнюю панель.