показ точного времени

Я думаю, что i3bar не ограничивает частоту своего обновления. Копай в сторону настройки интервала в своем генераторе статуса. Например, для i3status интервал задается в файле конфигурации так:

general {
        interval = 1
}

Да, частота обновления настраивается, но во-первых, настраивается она в секундах (всё же про «в пределах секунды» я маху дал — это как раз и достигается настройками), а во-вторых, хотелось бы не загружать процессор лишними обновлениями, а просто подстраивать видимые часы под такт часов, «тикающих» в системе.

хотелось бы не загружать процессор лишними обновлениями

Тогда забудь. Либо проверяй время каждые 30-50мс, либо вешай это на событие по PPS от внешнего GPS или RTC.

Хотя, можно было бы и проще сделать: сначала опрашивать время с интервалом 10мс, затем как только сменилось — запустить select на 1 секунду в потоке и так раз 100; потом повторить калибровку. Самый простой вариант. Делай патч.