Исправление JB, (текущая версия) :
linux /boot/vmlinuz-4.0.5 root=UUID=b3e94ea3-c86f-4c8f-bee9-e733b675e92b ro initrd=/install/initrd.gz zram.num_devices=4 quiet
linux /boot/vmlinuz-3.16.0-4-amd64 root=UUID=b3e94ea3-c86f-4c8f-bee9-e733b675e92b ro initrd=/install/initrd.gz zram.num_devices=4 quiet
у тебя оба ядра грузятся с одним и тем же initrd, в котором модули и все сопутствующее от 3.16. Ты 4.0.5 явно как то не правильно собираешь
Исходная версия JB, :
linux /boot/vmlinuz-4.0.5 root=UUID=b3e94ea3-c86f-4c8f-bee9-e733b675e92b ro initrd=/install/initrd.gz zram.num_devices=4 quiet
linux /boot/vmlinuz-3.16.0-4-amd64 root=UUID=b3e94ea3-c86f-4c8f-bee9-e733b675e92b ro initrd=/install/initrd.gz zram.num_devices=4 quiet
у тебя оба ядра грузятся с одним и тем же initrd. Ты 4.0.5 явно как то не правильно собираешь