Раньше через emerge --sync синхронизировалось только основное дерево, директории с оверлеями нужно было вносить в PORTDIR_OVERLAY и обновлять вручную (либо с помощью сторонних утилит, таких как layman). Теперь вместо этого появилась унифицированная система repos.conf. Как и основное дерево, так и оверлеи настраиваются одинаково и могут обновляться через rsync/git/svn и т.п.
Я теперь обхожусь без layman, ибо в git-репозитории portage теперь умеет (а так же rsync, svn и laymanator. В mercurial оно (пока?) не умеет), а других мне и не надо.
Гентушное дерево теперь отключать можно, если есть чем заменить (например можно подключить фантушное).
Теперь всеми репозиториями очень удобно рулить — конфиги всех репозиториев лежат в одном месте. Можно на успешное завершение синка вешать хуки, причём как на отдельные репозитории (гентушное дерево я тоже считаю репозиторием, ибо возможность отключения), так и хуки на все сразу или ручной синк одного из репозиториев. Теперь управление репозиториями более наглядно.
Да, можешь его выпилить, но если понадобится удалить/добавить оверлей придётся прописывать его в конфиг вручную. Неприятно, но не критично. Или для удобства оставь layman.
А я не говорю что его надо выпиливать. Я имел ввиду, что он более не обязателен к установке если ты все ebuild'ы добавляешь в свой личный локальный оерлей, а сторонние подключаешь по мнимому.