Где почитать/посмотреть пример написания расширения для гнома

GNOME Shell Extensions.

Но, это меняет системный файл. Можно ли сделать это в расширение без изменения этого файла.

Есть другой вариант: В RPM есть возможность написать хук, который будет вызываться при обновлении файла другим пакетом. Т. е. как только evdev.xml обновляется, ты тут же его патчишь чтобы вернуть свои флаги. Думаю, это будет проще чем писать расширение (учитывая, что ты в этом — ноль). Про deb не знаю.

Скриптом на баш и sed получилось изменить.

Довольно таки хреновый метод редактировать XML. Есть же специальные средства, например, xmlstarlet.

P. S. При нормальной включалке клавиатурных раскладок индикатор не нужен.

где можно почитать про расширения для гнома

https://gjs.guide/extensions/review-guidelines/review-guidelines.html

Хочу вместо раскладки языка буквами, был флаг из эмодзи.

Флаг - атрибут государства, к языку не имеет никакого отношения.