Как сделать Makefile

Почитать info make и посмотреть как сделано у других.

printf "all:\n\tflex scaner\n\tbison calc.yy\n\tc++ calc.tab.cc -ly -lfl -o calc.X\n" > Makefile

Посмотри сюда http://www.linux.org.ru/view-message.jsp?msgid=1244624

Несмотря на некоторую неполиткорректность данных тебе советов, рациональное зерно в них есть - почитай какие-нибудь общеобразовательные тексты про make (напр. http://www.linux.org.ru/books/GNU/Gmake.htm).

От тебя требуется перечислить объектные файлы и указать зависимость исполняемого файла именно от них. С построением объектных файлов make справится сам, особенно если дополнить его неявные правила тем, что ты прочтешь по первой ссылке.

Будут вопросы - пиши.