С gui приложениями всё понятно - в winoptions пишем:
WM_CLASS.WM_NAME.icon: path_to_icon
а как быть с прогой запускаемой в терминале, например, в xterm ? Сделать так,чтобы не срабатывало правило глобально для xterm, а конкретно для случая xterm -e some_prog