Nvidia + Compiz

опции актуальны или уже нет?

Ченджлоги иксов, блоба/модуля читай.

у меня при включенной прозрачности если...

В 99% случаев nvidia/compiz ни при чём, смотри DE.

Что значит «смотри DE»?

От тулкита как правило зависит.
//опции иксов меняются раз в сто лет

Это не полезные советы - без DRI у тебя ты также тормозили все игры. Параметры в xorg.conf больше не нужны - начиная с драйвера NVIDIA 100.14 они включены по-умолчанию. Для драйверов 7x.xx и 9x.xx они по прежнему нужны.

у меня что-то похожее, когда один объект (окно/панель) накладывается на другой

такая проблема с компизом 0.8.4 в дебиане, но с 0.9.х все нормально

И да, драйвер не виноват скорее всего. У меня так вообще emgd.

кстати в лог иксов драйвер вроде должен давать выхлоп своих настроек, которые ты можешь сверить с настройками из статьи, а затем почитать ман и сделать окончательный вывод об актуальности этих настроек, а затем опубликовать вывод здесь (:

Я, кстати, решил проблему. Это было виновато размытие. Нужно включить галочку «Преграждение размытия» чтобы он не размывал участки окон, скрытых под другими окнами.