Прозрачные для мыши окна

Если ты хочешь, чтобы события от мыши передавались не окну сверху, а тому, которое ниже, то фокус тебе не поможет.

Не угадал. Click through делается с применением XShape extension, и у меня есть сильное подозрение, что смотреть тебе надо в исходники приложения, окно которого должно пропускать клики.

Во всяком случае пару лет назад xmonad из коробки бодро пропускал клики через окна notify-osd, только вот не помню, только с запущенным xcompmgr или же и без него тоже.

Впрочем, почему нет? В hackage есть X11-xshape (степень сырости неизвестна), и XID нужного окна из xmonad-хука получить совершенно не проблема, равно как и прочие данные.