Не знаю как в третьем Наутилусе с этим, но попробуй сделать так:
1. Создаешь прозрачную PNG-шку 1x1 пиксель (http://i.imgur.com/1Xe6C.png - или возьми эту). 2. Наши цели: /usr/share/icons/используемая_тема_иконок/scalable/emblems/emblem-symbolic-link.png и /usr/share/icons/используемая_тема_иконок/scalable/emblems/32/emblem-symbolic-link.png
Делаешь бэкап этих иконок (если понадобятся ещё). 3. Заменяешь их PNG-шкой в один прозрачный пиксель (см. пункт 1) и перезапускаешь Nautilus (killall nautilus).
На этой неделе менял мать, кучу разных видеокарт, ставил разные винчестеры... ничего не менялось, эти значки висели. А сегодня вот, ей-богу ничего не делал, только поставил HD 6790 вместо встроенной Intel, и вот захожу - пропали. Теперь все как должно быть. Мистика, блин :D