cairo dock грузится несколько раз

Размести одну слева, другую-справа, третью сверху

Ищи где там в ваших кедах автозагрузка

Как прописывали в автозагрузку?

Для начала killall cairo-dock
Потом.
Параметры системы -> Запуск и завершение -> Управление сеансами -> Приложения, которые не следует восстанавливать при запуске.
Пишешь туда cairo-dock.
Затем запускаешь его и завершаешь сеанс. Входишь по новой - смотришь что получилось.
Когда-то вроде делал так. Потом плюнул я на него и справа прицепил родную кде скрывающуюся панель. Без перделок, зато все родное.

У меня похожая фигня с cairo-dock была в xfce, решилось отключением сохранения сеанса. Посмотри в этом направлении.

спс попробую