OpenBox запуск автоматический запуск программ на разных Рабочих столах

1. По идее, любая иксовая программа умеет получать свой WM_CLASS из аргументов командной строки. Например:

$ medit --help-all | grep class
  --class=КЛАСС                     Класс программы, используемый менеджером окон

2. Если VirtualBox поддерживает эту опцию, тебе надо просто запускать 2 экземпляра программы с разными --class

3. В конфиге опенбокса прописать рабочий стол для этого класса. Например, у меня настроено кидать окна Terminator-а на 8-й раб.стол:

  <applications>
    <application class="Terminator">
      <desktop>8</desktop>
      <maximized>true</maximized>
    </application>
  </applications>

http://openbox.org/wiki/Help:Actions#Introduction
Почитай, тут много интересного

Очень сильно привык к пяти рабочим столам на compizе... Навскидку можете сказать, можно настроить также чтобы мышкой через край экрана переключаться между ними?

Если на вскидку, то колесом мыши на панели. Правда истинно с tint2 с конфигурацией панельки на 4 рабочих стола. Как через край экрана - не знаю.