unity убрать из системного трея

Это все называется indicator-* сноси лишнее и будет тебе счастье

Спасибо. Если интересно то я удалил:

indicator-messages (вместе с ним ушли indicator-status-provider-mc5 indicator-status-provider-pidgin)

indicator-session

(дальше пока не разобрался)

>Еще интересует, как сделать climentine в трее, а не в трее юнити?

Добавь его в белый список легаси-трея: http://askubuntu.com/questions/66579/where-are-my-tray-icons-in-the-unity-2d-...

Как убрать его при этом из sound-indicator ХЗ, видимо надо поискать в clementine соответствующий плагин и отключить его. И вообще, зачем его оттуда убирать?