пересобрать evince/poppler с флагами, что-же еще тут сделаешь, насколько я знаю, из настроек у него только можно указать где кушать шрифты, которые не embeded в самих pdf
Посмотрел в двух других дистрибутивах с теми же версиями этих пакетов - нет там субпиксельного. Сделай пруф-скриншот, чтобы не оказалось, что я ищу в темной комнате кошку, которой там не было.
PS: Скриншот открытой evince с документом и элементами интерфейса. На системе с включенным субпиксельным сглаживанием, конечно.