Помнится, раньше в кде были проблемы с треем, а теперь вот у гнома такое. Заметно на темных темах, у Pidgin и еще нескольких приложений.
Тема гтк - Shiki Brave.
Гном 2.28.2 в арче. В убунте 9.10 то же самое.
http://img97.imageshack.us/img97/2087/screenshot1k.png