XDirectFB - пока лучшый выбор для любителей прозрачности. Прозрачность реальная - т.е. если запустить мплеер и сверху поставить окно - будет все видно (уровень прозрачности можно менять). Чем он мне не нравится - тупо переключать расскладку(xmodmap, может можно еще как то?) и слабая поддержка nVidia. Т.е. все работает, но немного притормаживает(geforse4mx, dur650, kde3.0). по поводу kde - почему то flux работает МЕДЛЕННЕЙ! Когда перетаскиваешь окно из одного места в другое - проходит несколько секунд(flux-CVS). И еще E16 под ним не пойдет.
Ставить его очень просто - качаешь из cvs последний directFB и XDirectFB, а также берешь с xfree.org X430src-1,2,3 и делаешь все согласно readme. Далее в /etc/X11/xdm/Xservers меняешь X на XDirectFB + опции(советую включить тень и плавное появление/исчезание, там же указывается степень прозрачности окон под фокусом и без онного). Все, теперь запускай xdm и радуйся жизни:)