Куда делось свободное место?

Корзина?

Удалял c шифтом, так что, корзина пуста.

Используйте нормальный анализатор занятого места, например baobab.

http://ru.wikipedia.org/wiki/Baobab

Перезапусти софт, который может использовать эти файлы.

Может быть в каком-то приложении они открыты? Не перегружался с тех пор?

> например baobab.

KDE -> filelight

>Используйте нормальный анализатор занятого места, например baobab.

реквистирую подобное но без заивисимости от gnome

Была какая то иксовая утилита, показывала занятое место на диске. Но, блин, не могу найти ее.
Помню, что весь ее интерфейс - это окно, заполненное цветными прямоугольниками.

emerge kdirstat

http://balancer.ru/tech/forum/2005/08/t34445--KDirStat-~SequoiaView-dlya-Linu...

> emerge kdirstat

Не, она вроде не была привязана к DE.

>> Используйте нормальный анализатор занятого места, например baobab.

> реквистирую подобное но без заивисимости от gnome

С кедовыми зависимостями - filelight, как сказал выше.

С жабьими зависимостями - http://www.jgoodies.com/freeware/jdiskreport/

запусти lsof и посмотри, кто эти файлы использует.