склеить avi

cat 1.avi 2.avi > res.avi

Тупой

man mencoder

mencoder -oac copy -ovc copy -o "joined.avi" "1.avi" "2.avi"

http://howto.gumph.org/content/joining-movie-clips/

// а гугл-то рулит

Менкодер решает.
Ещё можно попробовать avimerge из проекта transcode
avimerge -o OUTPUT.avi -i INPUT_1.avi INPUT_2.avi

avidemux