Поменяй на не кривую тему.

Они должны быть размытыми, тогда нормально. Нужно аппаратное ускорение.

Как его включить?

Чем такие «некоторые» приложения отличаются от других?

Проблема скорее всего именно с CSD-приложениями (Client-side decorations). Попробуй поправить следующий файл:

~/.config/gtk-3.0/gtk.css

.window-frame, .window-frame:backdrop {
 box-shadow: 0 0 0 black;
 border-style: none;
 margin: 0;
 border-radius: 0;
}

.titlebar {
 border-radius: 0;
}

.window-frame.csd.popup {
  box-shadow: 0 1px 2px rgba(0, 0, 0, 0.2), 0 0 0 1px rgba(0, 0, 0, 0.13);
}

.header-bar {
  background-image: none;
  background-color: #ededed;
  box-shadow: none;
}

Темнота

Тема такая, активное окно оттеняет

А чё там у телки файл-манагером закрыто?

не помогает

https://i.ibb.co/8N57Hnk/20200320-112741.png