Вариант простой: поменять местами порты подключения кабелей SSD и HDD к мат.плате. Если не поможет, то вариант чуть сложнее: прописать в /etc/fstab подключение разделов по LABEL= или UUID=, прописать в /etc/lilo.conf передачу корневого раздела по LABEL=, PARTUID= или UUID=. В последнем случае (для UUID=) потребуется создать initrd и прописать также и его.