Docky

Информации мало, так что включаю режим ванги: у этих приложений хитрая команда запуска, просто по имени процесcа запускать нельзя и закрепить поэтому нельзя; при перетаскивании на рабочий стол создаётся .desktop-файл (ярлык), в котором эта команда прописана, и этот файл добавляется в Docky и запускается им. Соответственно, после удаления этого файла и запускаться нечему. Решение — хранить их не на рабочем столе, а в специальной папочке. У меня на винде аналогичное решение было, папка с ярлыками: сначала для штатной панели, которую в XP можно было открепить от панели задач и прикрепить к краю экрана, потом я из них сделал поддоки для RocketDock/ObjectDock. Вот валяется даже до сих пор:

bq:22:58:16:~$ ls /data/links/
compilers/                   Microsoft Office/            Portfolio.lnk                todo.lnk                     Новый том (D).lnk
graphics/                    other/                       syslinks/                    Total Commander.lnk          Свернуть все окна.scf
internet/                    players/                     system32/                    Мобильный GPRS-Интернет.lnk