Для firefox есть дополнение Scrapbook (или как-то так). Оно позволяет сохранять закладки и веб-страницы, на которые закладки указывают, локально, для офлайн просмотра в виде html дерева, которое затем можно просматривать любым браузером.
Есть такое, именно так. Одно непонятно — нахрена оно нужно. Сохранять страницу со всеми зависимостями в кучку файлов умеет любой обозреватель со времен Нетскейп-навигатора. А еще есть такая штука, как MHTML — ее уже не любой обозреватель умеет их коробки, но есть расширения.
Я бы все таки рекомендовать подумать еще раз — вы, вероятно, не очень хорошо представляете, как все непрочно во всемирной паутине.
Мне нужно именно закладки отдельно от браузера
Но если все-таки так, то я не улавливаю проблемы. Есть по меньшей мере два формата пригодных хранения ссылок в файле: микрософтовский «Internet shortcut» (суффикс файла — .url), и стандартный XDG-шный (суффикс — .desktop).
Вообще, первой программой, которую я хотел сделать для опенсорса лет 14 назад, был синхронизатор/хранилище закладок, совместимый с разными браузерами (я на тот момент как раз столкнулся с тем, что приходится параллельно работать в Firefox и Opera). Причём планировалось заложить туда интерактивное сравнение закладок — примерно то, что у меня сейчас делается в DoubleContact для контактов.
Увы, «ниасилил» — проект так и остался в голове и паре набросков. А потом тема была окучена онлайновыми решениями вроде Firefox Sync, хотя десктопная программа бы не помешала...