Установка программ на не системный раздел

В общем случае, это невозможно.

кстати, а перенести корень и слинковать нельзя? Там с UID будут бока?

ТС, можно в директорию /орт инсталлить, но это геморрой и не всегда возможно.

Очень редкие программы в linux(на примере ubuntu) ставятся в один каталог вместе со всеми требуемыми библиотеками(таковой например является viber для linux(ставится в /opt) или дистибутив Qt, скачанный с их оф. сайта(можно ставить куда угодно)).
В основном же все пакеты ставятся в разные каталоги и еще обычно отдельные пакеты занимают не много места(потому что обычно пакет не несет с собой всех требуемых библиотек, а использует библиотеки из других пакетов(которые помечены как зависимости данного пакета)). Так что перенос софта в другой каталог - плохая затея.
Вообще говоря, у меня на /root разделе(без /home и /opt) занято 11Gb (это при том, что много софта установлено)(при этом размер всего /root раздела - 37Gb (много занимает /home)). Неужели на ssd ты не найдешь 10-15Gb на свой /root ?
С другой стороны можно использовать /usr на другом разделе, т.к. в него ставится много исполняемых файлов и библиотек. Но в таком случае вопрос: зачем тогда вообще linux на ssd, если пол системы будет на другом разделе? Ставь уж тогда всю linux-систему целиком на hdd-раздел.

При компилянии программы из сорцов, собственно перед самим процессом компиляния ты можешь указать в конфигурационном файле, куда ее ставить.Это единственный способ.

Я бы сказал с текущими дистрибутивами искоробочно невозможно.

Какие есть способы безболезненного и менее муторного создания такой системы хранения программ на лине?

emerge --prefix?

Как workaround могу предложить после установки перенести самые тяжелые каталоги на другой винчестер и смонтировать соответствующие папки (каталоги) с помощью mount bind.

Какой дистрибутив GNU/Linux?

Это единственный способ.

Что мешает перенести все файлы пакета на другой раздел и наделать симлинков? Можно это делать скриптом.

Ей богу, вся система с более-менее популярным софтом - 7 гигов в лучшем случае. Фильм больше весит. Не жалейте, оно того стоит.

Эт не винда с её минимально необходимыми 30гб.

Возможно, можно использовать mount bind, можно использовать aufs3 для /usr, можно /usr вынести в отдельный раздел, да много способов, в этом сила и гибкость GNU/Linux.

Это не скажется на работоспособности программ?

По-идее - не должно. Сделай ls -la /usr/lib - там и так симлинков куча. В /usr/bin - тоже.

Не скажется, но от этого оно не становится хорошей практикой.

+1. И сама идея какая то... Виндовая))))

Виндовая - не видновая, а вот если надо и уместить все что нужно, и получить ссдюшный бонус в быстродействии основной части системы...

Иди в винду.

соорудить на SSD раздел для /usr никак?

В случае неразделенной ФС, да. Но, к счастью, у нас есть варианты: можно смонтировать каталог (bind mount тут не при делах), физически находящийся на другом носителе или даже в Сети.Можно делать симлинки. Можно использовать контейнеры.

По 60 гб должно хватить винде и линуксу. Под home выдели место на другом диске. Надо смотреть куда там игры свои данные ставят, но обычно в home.
Сам софт занимает очень мало, много занимают данные.

У меня в пк стоят SSD на 128 гигов, и два харда на 2Тб и 500Гб.

У меня SSD на 128 гигов, там /boot и / (/home на HDD, музыка, фото и фильмы в отдельной помойке на сервере), на рутовой фс занято 20% и 80% свободно, поэтому вопрос «установка программ не на системный раздел» не стоит. Да, оффтопиком не пользуюсь, но если бы и пользовался, 64 гигов тоже бы хватало с большим запасом: было бы занято 40% и 60% свободно.

Что за программы ты ставишь для которых не хватает 128 гиг??

Если гонять виртуалки в большом колличестве - то не хватит.