Встроенный в OS X просмотрщик PDF имеет удобную возможность: можно в любом месте документа дописать произвольную пометку в новом слое, и она сохранится в документе. Есть ли такое под онтопиком? Я нашел только okular, но там мне не нравится то, что пометка пишется не в сразу на стрницу, а в диалоговом окне, так что когда пишешь ее, непонятно, как она отрендерится и не вылезет ли за пределы страницы.