Вы из портов собирали или пакетом вкатили. Если пакетом, то из какой репы? (посмотреть: pkg -vv).
Что там вообще сообщает
pkg info -d gtk3 ?
А pkg version | grep -v «=» ?
A pkg info -ak|grep yes ?
А репы с пакетами вы случайно не мешали? И «чужие» репы, типа пц-бздшных не подключали?
И вообще, можно прогнать:
pkg check -da
pkg check -sa
Ну и — в с случае чего «pkg upgrade -fa» спасет мир.